Первым клиническим подразделением в составе Бальнеологического института было создано клиническое отделение в Пятигорске.

Краевая Кумагорская больница расположилась на живописном плато Кукуртлы недалеко от города Минеральные Воды у подножия горы Кинжал. Под сенью многолетних высоких деревьев находятся корпуса этого уникального лечебного учреждения, имеющего в своем арсенале бесценный природный дар - источник минеральной воды, обладающий необычайно большой целебной силой. Хорошо отработанные медицинские технологии позволяют в рамках периода пребывания пациента оказать ему высококачественную медицинскую помощь.

В период организации клиники Железноводский курорт больше других курортов Кавказских Минеральных Вод подвергся коренной перестройке по изменению лечебного профиля. Из дачного курорта «для малокровных женщин и детей» он начал превращаться в крупный курорт для лечения серьезных болезней желудочно-кишечного тракта. Основатель клиники профессор В. В. Владимирский на курортном съезде в 1922 г. выступил с предложением научного обоснования нового профиля курорта, которое встретило поддержку руководства и в мае 1924 г. в Железноводске для этих целей было открыто клиническое отделение Бальнеологического института.

Клиника начала свое существование в виде клинического отделения в санатории № 5 им. Калинина (бывшая дача «Азау») в 1922 г. В следующем году отделение было переведено в помещение бывшего санатория № 4 «Вера», где ему был предоставлен отдельный корпус на 40 госбюджетных коек, а с 1925 г. - и весь санаторий.

Кисловодская клиника была организована при Пятигорском Бальнеологическом институте одной из первых в 1921 г. Первые годы ее р аботы проходили в условиях восстановления народного хозяйства и индустриализации страны. Организация и руководство первыми научными работами клиники были поручены профессору И. А. Валединскому, под р уководством которого была проделана работа по научному обоснованию применения источника «Нарзан» для лечения различных групп заболеваний сердечно-сосудистой и нервной систем.

Организация первого в стране Бальнеологического института 4 мая 1920 г. открыла широкие возможности для научного познания лечебных свойств курортных факторов. На смену эмпирике и несистематизированным наблюдениям пришло планомерное изучение курортных богатств Кавказских Минеральных Вод. В этом значимом деле важнейшее значение имело создание в 1922 г. в институте экспериментальной лаборатории.

Бальнеологический институт (ныне ФГБУ Пятигорский государственный научно-исследовательский институт курортологии Федерального медико-биологического агентства) был основан 95 лет назад - 4 мая 1920 года. Целебные ресурсы уникального региона Кавказские Минеральные Воды нуждались в серьезной систематизации и основательном научном исследовании. В связи с этим одна из важнейших задач института заключалась во всестороннем изучении минеральных вод, лечебных грязей, климата и других природных лечебных факторов региона. В 20-х годах прошлого века институт принял участие в разработке программного документа, утвержденного коллегией Наркомздрава РСФСР, «Положение об округах горной охраны Кавказских Минеральных Вод». С целью всеобъемлющего изучения лечебных факторов в институте были созданы следующие отделы: физикохимический, метеорологический, климатологический, биологический, радиологическая лаборатория и другие. Все они стали предшественниками основанного в 1970-х годах на базе лабораторного корпуса института многопрофильного научного отдела изучения курортных ресурсов (ОИКР). Научно-экспериментальный диагностический центр (НЭДЦ) был организован в 2009 году на базе бывшего лабораторного корпуса.